微生物+单细胞分选仪 拉曼单细胞分选仪 高通量菌落智能筛选系统 单细胞光镊操纵与分选系统 |
拉曼+共聚焦拉曼光谱仪 近红外共聚焦拉曼光谱仪 拉曼单细胞分选仪 |
成像+超快三维荧光成像系统 智能细胞荧光计数仪制药颗粒物检测仪 |
核酸快检便携式核酸恒温扩增分析仪耗材拉曼信号增强芯片 细胞分选芯片 |
2021年2月,中科院长春光机所李备研究员团队,在期刊《微生物学报》上发表文章“单细胞分选技术在微生物分离与培养中的应用与展望”。
该文对显微操作、荧光活化分选、微流控分选、光镊技术、激光诱导向前转移等可用于微生物分离与培养的技术原理、发展历程进行简单介绍,对比分析了每种分选技术的优点与不足,重点阐述了激光诱导向前转移技术应用于微生物分离的技术优势,并进一步对未来应用于未培养微生物的研究进行了初步展望。
未培养微生物作为自然环境中的“暗物质”,对于人类是十分宝贵的自然资源,研究微生物分离培养技术至关重要,而单细胞分选技术为未培养微生物的研究提供了新的思路。目前常见的微生物单细胞分离技术有显微操作、荧光活化分选、微流控分选、光镊分选、基于LIFT的细胞分选等,每种方法各自具有优势及适用范围。显微操作、光镊分选可以大限度地保持细胞的活性,但操作复杂,分离速度慢。荧光活化分选、微流控分选通量高,但微管道对于形态尺寸各异的微生物及杂质颗粒的适应性不足,对于土壤、沉积物等杂质较多的样品中的微生物分离效果不好。需要一种适用性广、维持微生物活性单细胞分离技术用于微生物(未/难培养微生物)的有关研究。
1. 单细胞分离技术
1.1显微操作技术
1970年起,Johnstone等开始使用微注射器和微毛细管等工具来进行微生物的显微分选,但由于显微物镜的放大倍率与工作距离之间的相互制约,几乎不能进行单细胞的分离。随着长工作距离、高放大倍率的显微物镜的出现,显微操作技术有了很大的改进,人们可以通过倒置显微镜对放大1000x(包括电子放大倍率)的微生物进行观察,结合精准的压力控制装置,可以准确地放置毛细管以实现对微生物细胞的分离。如今也有商业化的显微操作产品,比如Eppendorf Transfer Man 4R,尽管商业化的显微操作分离产品可以通过更换不同孔径的毛细管来实现对不同尺寸微生物的分离,但需要在多次实验中完成。此外显微操作技术只可以分选液体样本,并不适用于固体样本中微生物的分离,且通量较低,难以实现大规模的微生物分离。
1.2 荧光活化细胞分选
荧光活化细胞分选法(Fluorescence-Activated Cell Sorting,FACS)是一种发展迅速、广泛使用的细胞分选技术。流式细胞仪(flow cytometer)就是以FACS技术为核心,通过流体控制技术使得细胞悬液成单行流动,检测细胞的荧光信息,并通过压电晶体喷出带有不同电荷的液体来包裹每一个细胞,当包裹着细胞的液体流经电场就会偏转到不同的接收装置中。因其具有测量指标多、检测速度快等优点,在临床医学、细胞学、微生物分离等领域的科学研究中发挥了重要作用,但也存在一定局限性。例如,FACS通常要求样品本身具有荧光或对样品进行荧光标记,这需要对目标细胞的表型有预先认知,而未培养微生物通常为完全未知的细胞,难以进行荧光标记;而即便对于那些可以标记荧光的微生物细胞,外源标记也有可能给细胞带来某些影响以至于在实际研究中不能适用。
1.3 微流控分选
基于微流控芯片的分选研究近些年较为热门。微流控分选(Microfluidic isolation)是一种利用微米级的微管道来操控纳升甚至皮升级流体的技术,能够精准控制细胞。目前已经有用于单细胞基因组学、转录组学分析的微流控产品。微流控分选技术的优势在于操作灵活、集成化、速度快等,但由于自然界中的微生物通常形态各异,且含有许多大小不一的微颗粒杂质,在分选时容易发生管道堵塞等问题,限制了此技术在微生物分离培养领域的大规模应用。
1.4 光镊分选
1986年,Ashkin等利用经高数值孔径聚焦的单束激光实现了对电介质微球的三维捕获,标志着光镊技术的诞生。与机械镊子相比,光镊是一种以非机械接触的方式来完成对微小物体的夹持、操纵、捕获和固定,近几十年的发展表明,光镊力的大小在0.1皮牛到几百皮牛范围,光镊技术所使用的光学力具有靶向性和非侵入性,是能够精确操纵生物样本的基础,从几纳米大小的单分子到几十微米的单个微小器官。光镊技术在细胞分离中具有低损伤、可视化等优势,但由于设备操作较为复杂,单细胞分离效率较低,在实际应用中受到一定限制。
1.5 基于激光诱导向前转移技术的细胞分选
激光诱导向前转移技术(Laser-Induced Forward Transfer, LIFT)是一种基于光与物质作用的新型可视化微生物细胞分离技术。其通过成像物镜观察锁定目标细胞,通过弹射物镜将激光聚焦到目标细胞进行弹射分选,控制接收装置配合实现目标细胞的接收。与荧光活化细胞分选等分离技术相比,LIFT细胞分选技术由于是镜下分选,有着更高的显微分辨率,可根据目标微生物细胞的形态、尺寸、荧光及拉曼分子指纹等多种特征进行分选,分选后的细胞能够直接用于扩大培养或全基因组扩增及测序等,单细胞获得率高、适用范围广泛。
图1 细胞分离方法
2. 基于激光诱导向前转移技术的单细胞弹射分选与培养方法
2.1激光诱导向前转移技术的原理与发展
激光诱导向前转移(LIFT)技术最早由Bohandy教授在1986年提出,其使用激光照射铜,成功将金属铜转移至硅片基底上。此后,国内外研究者们对不同能量、不同脉宽激光照射不同材料薄膜所产生的热量、温度分布,以及材料转移过程机理进行了阐释,并逐步对LIFT技术进行了优化。LIFT在发明之初,主要被用来转移Cu、Al、Au、Ag以及一些金属化合物等金属材料,应用于微电路的加工制造领域。随着LIFT技术的不断改进完善,其可以转移微小物质的特点被逐渐应用到转移一些较脆弱的物质,比如细胞等。
图2 LIFT不同弹射机理
图3 PRECI SCS单细胞分选仪
2.2 LIFT技术在微生物分离培养中的应用
将LIFT技术用于未培养微生物的分离培养,整个过程中微生物活性可能受如下几个因素影响:(1) 微生物在弹射分选芯片上的活性;(2) 弹射过程中热、力等因素是否对细胞、细菌有损伤;(3) 接收过程中微生物由高速飞行着陆到接收装置上是否对其有损伤。转移过程中微生物可能受到来自光、热、力等方面的损伤,其中光由于直接作用在金属薄膜上,只有很小部分透过金属薄膜,通过合理控制光的波长与能量,其对细菌活性的影响可以忽略,弹射过程中的热、力则是导致微生物损伤的主要因素,有限元方法计算表明,通过选择合适的中间层材料及厚度,在弹射的瞬间,细菌的温度维持原本温度(室温),同时中间层也能起到缓冲的作用,防止弹射过程中热、力对目标造成损伤。此外,湿度对微生物的活性十分重要,微生物的生长离不开微液体湿润环境,在弹射过程中为微生物样本提供一个微液体,相对湿润的微环境,以维持微生物基本活性十分重要。
因此在实际使用过程中,我们可以通过添加无生物毒性的一些粘性液体材料处理样本,比如海藻酸钠、甘油等,然后放置在芯片上进行弹射分选。为验证微生物在弹射分选过程中是否具有活性,我们可以使用染色剂(亚甲基蓝染色剂)对其进行染色验证,从酵母菌的染色结果可看出通过液体包裹,可以为微生物提供液体环境,维持其生物活性(图4)。对于弹射分选过程中细胞所受到的损伤,我们难以在微观尺度上直接进行验证,此外,细胞的损伤也分为可修复损伤与不可修复性损伤,为此我们可以通过培养法间接验证微生物的活性在弹射过程中是否受到影响,将培养条件已知的细菌弹射到与之相应的培养基中经过一段时间的培养,可对细菌的活性进行间接验证,对大肠杆菌、枯草杆菌的弹射培养结果(图5)说明了通过液滴包裹的微生物可以保持活性。
图4 不同环境下LIFT分选酵母菌
a)芯片上干燥后的酵母b)干燥后的酵母弹射c)干燥后酵母的染色d)芯片上凝胶包裹下的酵母 e)凝胶包裹酵母的弹射 f)凝胶包裹酵母的染色
图5 不同环境下微生物的LIFT分离培养
a)甘油包裹大肠杆菌弹射培养b)海藻酸钠包裹大肠杆菌弹射培养c)甘油包裹枯草杆菌弹射培养
激光诱导向前转移技术,由于其可以实现对不同材料从固体到液体的精准转移,已经被广泛应用于金属材料微纳结构加工、组织器官的生物打印、微生物的分离培养等诸多研究领域。由于激光诱导向前转移依赖于材料对光的的吸收产生温度的升高,因此,当应用于细胞、微生物等温度敏感的材料转移时,可以通过增加甘油、硅藻酸钠等液体材料作为隔热层来保护微生物不受热量、力的损伤。对于微生物,尤其是未可培养微生物这一研究领域,激光诱导向前转移技术,有希望应用以下几个方面做出一些突破。
1. 与形态分析、荧光检测、拉曼光谱等细胞识别技术相结合,实现对样品中具有特殊生理功能、代谢活性或特殊形态的微生物单细胞的分离培养,从而更高效地培养出功能性菌株,实现对其功能基因、代谢途径及生态作用的研究,还能加速发酵、制药等工业领域中功能菌的筛选及应用。
2. 对分离获得的微生物单细胞进行全基因组扩增,用于单细胞测序研究。这有助于我们从另一个角度去了解那些始终无法培养的微生物种群,通过对其基因信息的分析,推测其代谢通路及培养条件,最终实现未培养微生物的可培养。
3. 单细胞层面将两个或多个微生物细胞分离至一定环境中进行培养,验证微生物之间是否存在共生、竞争等相互作用,从而进一步探索其调控机制,深入了解微生物生态,用于微生物互作关系研究。
本文发表于《微生物学报》2021, Vol. 61 Issue (4): 781-792